Berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Provinsi Sekolah/Madrasah (BAP-S/M) Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dengan nomor surat 05.01/BAN-SM-P/TU/IX/2018 tentang Penetapan Hasil dan Rekomendasi Akreditasi Sekolah/Madrasah, MTs dan MA Mu’allimin Muhammadiyah Yogyakarta mendapatkan nilai dan terakreditasi “A”. Semoga pancapaian menggembirakan ini dapat menggelorakan semangat para civitas academica Madrasah Mu’allimin Muhammadiyah Yogyakarta untuk memajukan diri dalam segala pencapaian prestasi sebagai madrasah yang unggul dan berkemajuan.