Dalam pelaksanaan Kurikulum 2013 sejak awal masuk SMA/MA, peserta didik sudah memilih jurusan atau dalam hal ini disebut peminatan. Dalam pemilihan peminatan ini harus sesuai dengan minat, bakat, dan kemampuannya. Peminatan dimaksudkan untuk memenuhi kepentingan peserta didik dalam rangka perkembangan dan kesuksesan mereka secara optimal, sesuai dengan kemampuan dasar umum (kecerdasan), bakat, minat, dan kecenderungan pilihan masing-masing peserta didik, khususnya berkenaan dengan peminatan akademik, kejuruan, dan studi lanjutan.
Sebagai sekolah dengan Program Pendidikan 6 (enam) tahun, Madrasah Mu’allimin Muhammadiyah Yogyakarta memberikan kesempatan kepada peserta didik untuk mengembangkan potensinya dengan memilih salah satu di antara 3 pilihan peminatan yang tersedia, yaitu:
1. Peminatan Ilmu-Ilmu Keagamaan (IIK)
2. Peminatan Ilmu-Ilmu Sosial (IIS)
3. Peminatan Matematika dan Ilmu Alam (MIA)
Pada tahun pelajaran 2020/2021 mendatang, hasil pemilihan peminatan siswa tertuang dalam Surat Keputusan Direktur Madrasah Mu’allimin Muhammadiyah Yogyakarta Nomor: 166/I.MIN/F/2020 tentang Peminatan dan Penjurusan Siswa Kelas IV Madrasah Mu’allimin Muhammadiyah Yogyakarta Tahun Pelajaran 2020/2021.

Lebih Lengkapnya SK Peminatan dan Penjurusan Kelas IV bisa di download  disini